I recenti e impegnativi lavori di restauro del complesso hanno permesso di definire in modo pressoché definitivo le tappe edificatorie della chiesa di Santa Maria in Argon. All'alto medioevo appartiene il primo sacello quadrato con apertura a nord, corrispondente alla planimetria dell'attuale presbiterio. Nei secoli XI/XII fu costruita l'aula, non perfettamente in asse con il sacello del quale divenne abside.

Tracce di questa fase romanica sono ancora visibili nel setto di muro con porta tamponata nella cappella sud.  Nel Quattrocento sono stati aggiunti i due ambienti laterali quadrangolari a nord e sud dell'attuale presbiterio. Tra il 1516 e i primissimi anni del decennio successivo sorgono il campanile e l'abside trilobata. Nella historia quadripartita di Bergamo di Celestino Colleoni si riporta che per volontà dell'allora reggente abate Angelo Grillo nel 1617 si sopraelevò e ripavimentò l'abside; si costruì un nuovo altare centrale con ancona lignea, poi rimosso, si aggiunsero i due portici laterali esterni, si rifece quasi integralmente la facciata. Altri interventi seguirono più tardi nel medesimo secolo: l'ampliamento della cappella sud, la costruzione dell'attuale sagrestia e la realizzazione dell'altare centrale tuttora in loco. Il ciclo ad affresco dell'abside giaceva sotto un presunto rifacimento ottocentesco.

Strappata e riposta, tale "copertura" si dimostrò in realtà risalire al primo '600 di scuola veneta, avendo subìto nell'800 solo un pesante restauro integrativo. Il ciclo sottostante messo in luce ed ora visibile rappresentante l'Incoronazione della Vergine, i Profeti e gli Evangelisti fu eseguito nel primo Cinquecento -poco dopo l'edificazione dell'abside- da un anonimo autore di probabile formazione milanese. Gli affreschi della conca dell'abside (Assunzione della Madonna) sono riferibili al 1530 ca. E infine al tardo '500 o al primissimo '600 risale lo spicchio centrale raffigurante la Trasfigurazione di Cristo sul Monte Tabor.I portichetti esterni conservano traccia di affreschi votivi tardo quattrocenteschi e cinquecenteschi.